日軍第二旅團在六月十六日至六月二十三日以台中一聯隊(一個團)進攻雲林之鯉魚頭、打貓東二堡一帶,報復蹂躪雲林地區,雲林支廳長松村雄之進稱:
「雲林轄下無良民」把村庄指為匪窖全部加以焚燬,在連續所謂的「掃蕩」七天之中,到處施展毫無人性的報復屠殺,在山區中遇人殺人,見屋則燒屋,婦女幼兒也在殘殺之列,此為後人所稱的「雲林大屠殺」。日本事後自己統計報告計焚燬村莊五十六處,縱火民房四千九百二十五戶,無辜百姓逾三萬名無端被殺,受害範圍廣及五十餘村庄。斗六街及石龜溪庄遭受最為慘重。進攻鐵國山之兒玉中隊,自林杞埔(今南投縣竹山鎮)撤回雲林時,沿途縱火,九芎林、石榴班、海豊崙各庄盡成焦土。
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